Situado ao norte do município de São José dos Campos, com 322 km² de área, São Francisco Xavier convive com uma paisagem natural privilegiada, com fortes declives e grandes altitudes. O Distrito de São Francisco é considerado uma área de Proteção Ambiental Federal, por fazer parte da Bacia Hidrográfica do Rio Paraíba do Sul. A vila está a 720 metros de altitude e a uma distância de 54,8 km, por asfalto, de São José dos Campos e mantém ainda a característica de um pequeno povoado do interior, com artesanato típico da região e festas religiosas, que atraem um número expressivo de pessoas. São Francisco Xavier tem várias trilhas para caminhadas e para mountain bike.